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BIOMOD JAPAN OPEN 2020

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BIOMOD JAPAN OPEN 2020

学生参加者・サポーター募集!!

■BIOMODとは?

国際生体分子デザインコンペティション(BIOMOD)は,学部学生が,DNAなどのプログラマブルな生体分子を材料にして,さまざまな分子ロボット,分子システムのデザインを競う,国際的なコンペティションです.

■BIOMOD JAPAN OPEN について

2011年以降,毎年アメリカで国際大会が開催されていますが,今年は新型コロナウイルスの感染拡大にともない,6月に中止の決定がなされました.これを受けて,知能分子ロボティクス研究会(計測自動制御学会システム情報部門調査研究会)では,“BIOMOD JAPAN OPEN”を開催することといたしました.BIOMOD JAPAN OPENは,夏の約3か月の間に,分子設計に関するさまざまな講義・講習の後,学生自身のアイデアでオリジナルな分子ロボット・分子システムを設計するコンペティションです.

今年は,活動をオンラインに限定して実施します.具体的には,7月~8月にかけて,DNAオリガミやDNAコンピューティング,さまざまな分子機械の原理など,分子システムデザインに関する基礎知識や,DNAオリガミCADや分子シミュレータなどのさまざまなソフトウェアの使い方に関するオンラインの講義やソフトウェア講習を受けていただきます.並行して,学生チームごとにブレーンストーミングを行い,オリジナルな分子システムを考えていきます.そして,考えた内容をまとめたウェブページ(Wiki)やYouTubeビデオを作成し,9月末に開催される発表会(Jamboree)でその内容を発表します.

■BIOMOD JAPAN OPENのテーマ

今回のテーマは,ずばり

「ウイルスに打ち勝つための分子ロボット(分子システム)の設計」

です.このテーマに沿うものであれば,アイデアや構想のみでも,具体的な分子の設計,分子システムの設計でも,分子システム設計のためのソフトウェア開発でも,なんでもOKです.

■参加学生募集

参加を希望する方(学部生に限ります)は,https://forms.gle/6XZH1eL9NsCJK6DF6 から参加登録をお願いいたします.講義開始の日程が迫っていることから,7月3日までにお申し込みいただけると助かります.申し込みの最終締切は7月31日です.

参加費は無料です.


■ 日 程

6月26日~7月3日   学生メンバー・サポーターの募集、仮チーム編成

7月6日~7月31日   講義 週2回×全7回、アイデア発表会 (講義内容は下記「講義・ソフトウェア講習の内容」を参照)

  第1回:7月6日(月) 19:00 - (リンク:https://meet.google.com/ayt-cdjv-eeb)

  第2回:7月10日(金) 19:00 -

7月31日       申し込み最終締切、本チーム編成

8月1日~8月16日   夏休み (各チームで活動)

8月17日~8月31日   ソフトウェア講習 週2回×全4回

8月21日頃      ジャーナル論文発表会(各チーム内)

9月4日        中間発表会

9月23日       Wiki, YouTube締切

9月30日       オンラインJamboree(最終発表会)


■ チーム編成

今回は,異なる大学の学生により混成チームを編成します.チームごとに複数の教員(メンター)がついて指導します.チーム編成はメンバーの所属大学,活動可能な時間帯などを考慮して,実行委員会が決定します.

■ BIOMOD JAPAN OPEN2020の大会ルール(評価基準)

BIOMODの評価基準に準拠して,プロジェクト内容を記載したウェブサイト(Wiki),発表プレゼン,YouTubeなどを総合的に評価します.審査は項目ごとの数値評価のみで行われ,合議等はありません.

BIOMODの評価基準:http://biomod.net/judging/

■ 講義・ソフトウェア講習の内容

7月中は週2回の講義,各60分+チームディスカッション30分を基本として活動します.

適宜日程調整を行い,参加できる人が多い日時にオンライン講義を配信するとともに,オンデマンドでも講義録画を見られるようにする予定です.

講義内容

1.BIOMODについて,分子ロボットとは?(東北大学 村田 智)

2.まず敵を知れ(ウィルスとは?)(東北大学 野村M.慎一郎)

3.構造DNAナノテクノロジー(構造)(関西大学 葛谷明紀)

4.DNAコンピューティング(東北大学 川又生吹)

5.分子ロボットの飛び道具(酵素,人工塩基,高分子)(東京工業大学 瀧ノ上正浩)

6.分子設計のためのソフトウェア(東北大学 川又生吹)

7.分子ロボットの倫理(恵泉女学園大学 小長谷明彦)

8月後半の2週間はソフトウェア講習を行います.対象ソフトウェアおよび講習の方法については,参加者のニーズにあわせて,オンライン講義,ビデオチュートリアル,slackによる質問回答などを行う予定です.

ソフトウェア講習の内容

(必修)すべての参加者に受講していただきます.

caDNAno      DNAオリガミ設計ソフトウェア
Visual DSD      DNA反応系設計ソフトウェア

(選択)その他のソフトウェアは要望に応じて決める予定です.

DACCAD        DNA反応系の設計と進化的最適化

分子VR       ヴァーチャルリアリティによる巨大分子操作

Nanoengineer-1   DNAナノ構造用CAD
oxDNA       DNAナノ構造の粗視化動力学シミュレーション
NUPACK       核酸配列設計ソフトウェア
CanDo        DNAオリガミの安定性解析ソフトウェア
Ready        反応拡散系シミュレータ
NAMD        分子動力学シミュレータ
DINAMelt       核酸融解温度予測ソフトウェア
Cell Designer     生体反応システム設計ソフトウェア
動画編集       動画編集用各種ソフトとその使い方
CG作成       CG作成用各種ソフトとその使い方

その他

■ 使用言語

講義や講習は原則として日本語で行います.スライドは英語でもわかるものを用います.

評価の対象となる,Wiki,YouTube,発表はすべて英語です.

■ 参考資料

教科書: DNA分子デザインのすべて(BIOMOD虎の巻) CBI学会出版 2016年

https://cbi-society.org/home/documents/eBook/Biomod2016.pdf

(英語版もあります.)

参考書: 分子ロボティクス概論 CBI学会出版 2019年

https://cbi-society.org/home/documents/eBook/ebook3_MolRobo_color.pdf

このほか,メンターの指定する原著論文を読みます.

■ サポーター募集
参加学生のいる大学の先生方,大学院生諸君,BIOMODを経験した学部生にはぜひサポータとしてBIOMOD JAPAN OPENのご支援をお願いします.それは分子ロボティクスコミュニティー全体としての若い世代のレベルアップや人的ネットワークづくりにつながります.また,新しい教育の試みとして,みなさん自身の実績になります.またサポーターをしていただいた方には,知能分子ロボット研究会より感謝状(活動証明書)を発行いたします.

サポーターには3種類あり,それぞれ資格がきまっていますので,できるものを選んでください.サポータをやっていただける方は, https://forms.gle/4H915ezhqMSLbnSz8 で参加登録をお願いいたします.7月末まで受け付けますが,7月3日までに登録していただけると助かります.

サポーター

種別

資 格

ご担当いただく役割

チーム補助者

講習の講師・補助

審査員

チーム指導者

メンター

助教以上

任意

ジャッジ

博士号を持つ方

任意

チューター

大学院生またはBIOMOD経験者の学部生

*チーム補助者:学生チームミーティングの司会や先輩としてのアドバイス等

■ 主催

計測自動制御学会システム情報部門調査研究会「知能分子ロボティクス研究会」

JST人と情報のエコシステム「分子ロボティクスELSI」(代表 小長谷明彦)

■ 実行委員会

実行委員長:  村田 智(東北大学)

実行副委員長: 葛谷明紀(関西大学)広報担当

実行委員:

平 順一(九州工業大学)募集担当 

佐藤佑介(東北大学)講義・講習担当

川又生吹(東北大学)記録担当

角五 彰(北海道大学)発表会担当

Anthony Genot (東京大学)

Nathanael Aubert-Kato (御茶ノ水女子大学)

Gregory Gutmann(東京工業大学)

瀧ノ上正浩(東京工業大学)

小長谷明彦(恵泉女学園大学)

野村M. 慎一郎(東北大学)

堀 豊(慶應義塾大学)(知能分子ロボティクス研究会主査)

■ お問い合わせ先

平 順一(九州工業大学)

このメールアドレスは、スパムロボットから保護されています。アドレスを確認するにはJavaScriptを有効にしてください  

 

Springer Nature Applied SciencesのTopical Collection “Molecular Robotics” について

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Springer Nature Applied SciencesのTopical Collection "Molecular Robotics"を6/1より開始することになりました.
本TCでは,分子ロボティクスに関係があれば,どのようなトピックの論文でも受け付けております.

論文フォーマットは,Research Articles, Short Communications, そしてCase Studiesの3つを用意し,理論,実装,応用,シミュレーション,ELSIなど,様々な内容の投稿を歓迎いたします.
当TCは無期限の常時開設セクションとなります.学生さんの卒論の出版などにも,ぜひご活用ください.
詳細は下記URL,及びPDFをご参照ください.

URL: https://www.springer.com/snas

PDF

また,ご興味の有りそうな方がいらっしゃいましたら,ぜひ周知していただけると幸いです.
このTCを使うことで,今後もこのコミュニティの活動を盛り上げていくことができればと思います.

もし何かご質問等ございましたら,お気軽に浜田までお問い合わせください.

浜田省吾(コーネル大学)

e-mail: hamada [at] cornell.edu

 


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